Redno se izvaja notranji nadzor za spremljanje izvajanja in skladnosti z načeli te dobre prakse, Enotnimi pravili Skupinske prakse ter veljavnimi evropskimi in slovenskimi predpisi ter predlagajo potrebni korektivni ukrepi.
Notranji nadzor izvaja nosilec dejavnosti v ordinaciji članici ter nepristransko in podrobno tudi pristojno osebje Skupinske prakse skladno s programom notranjega nadzora, ki zajema vse vidike te dobre prakse ter skladnost s predpisi, smernicami in postopki v določenem roku. Notranji nadzor je lahko razdeljen v več posameznih notranjih nadzorov z omejenim obsegom.
Vse postopke notranjega nadzora (znotraj ordinacije in znotraj Skupinske prakse) se evidentira. Poročila morajo vsebovati vse ugotovitve nadzora. Če so ugotovljene nepravilnosti in/ali pomanjkljivosti, se določi njihov vzrok ter dokumentira in izvede korektivne in preventivne ukrepe (z angl. kratico CAPA). Izvod poročila je treba predložiti nosilcu dejavnosti v ordinaciji članici ter Odboru za kakovost, varnost in prijaznost Skupinske prakse.